در کودکان به ویژه نوزادان با هر بار عفونت در بدن حتما باید از نظر عدم ابتلای بیمار به مننژیت اطمینان حاصل کرد .تنها روش قطعی تشخیص مننژیت گرفتن مایع مغزی- نخاعی است اما نکته بسیار مهم در درمان مننژیت شروع زودهنگام درمان است. بنابراین در مواردی که تشخیص مننژیت محتمل باشد قبل از آنکه نتایج آزمایش مایع مغزی- نخاعی آماده شود کودک بستری شده و درمان آنتی‌بیوتیکی با هدف درمان عفونت مغزی- نخاعی برای وی آغاز می‌شود. تأخیر در شروع درمان مننژیت ممکن است خطر مرگ کودک را بوجود آورد. پس در موارد لازم برای اخد نمونه مایع مغزی نخاعی باید در شرایط استریل با وسایل مناسب در اسرع وقت اقدام نمود.سوالی که همیشه برای والدین مطرح است این است که‌آيا نمونه گیری از مایع مغزی نخاعی برای فرزندشان عارضه ایی به دنبال دارد یا نه ؟ محل اخد نمونه معمولا در کمترین تماس با ریشه های عصبی است وعمدتا مایع مغزی - نخاعی در فیلد نمونه گیری است و احتمال آسیب به ويژه اگر توسط فرد ماهر و متخصص انجام شود بسیار بسیار ناچیز است.